Con una extensión de 180.186 Ha y un perímetro de 216 Km la Reserva Nacional del Saja es la mayor de España. Excluyendo la costa ocupa prácticamente la mitad occidental de la provincia de Santander  e incluye los valles de Cabuérniga, Mazcuerras, Nansa y Liébana. Está formada por 176 montes de utilidad pública.

Está asentada en la vertiente norte de la cordillera Cantábrica. Su topografía es muy complicada alcanzando sus máximas alturas en la parte sur occidental

El límite oriental de la Reserva lo constituye el rio Besaya. Paralelo a él discurre el rio Saja que da su nombre; nace en la sierra de Isar y sus aguas van a unirse, fuera ya de sus límites con el Besaya para desembocar juntos en el Cantábrico. El rio Saja forma los amplios valles de Cabuérniga y Mazcuerras. La divisoria de aguas entre ambos ríos  la constituyen la Sierra de Bárcena Mayor.

El clima de la Reserva tiene ciertas influencias atlánticas con un frío-templado y húmedo, además de caracterizarse por tener precipitaciones abundantes.

El haya ocupa las zonas umbrías de suelos arcillosos y calizos, siendo el más importante hayedo el que se encuentra en el Monte de Saja ocupando más de 6.500 hectáreas. El roble se situa en las altitudes entre los 600 y los 700 metros, también por las umbrías. Los mejores robledales están en los términos municipales de Cieza, Ruente, Tudanca, Polaciones y Liébana.

Los pastizales también ocupan gran parte de la Reserva, estos son de gran importancia para la alimentación del ganado y las especies cinegéticas. En estas zonas, las labores ganaderas son abundantes y generalizadas.