El clima de La Reserva del Saja puede calificarse como frio-templado y húmedo. Las nevadas son esporádicas y solo están presentes durante unos pocos días al año.

Los vientos  que inciden sobre la propia reserva  tienen una gran influencia sobre la climatología de la misma. Dentro de lo que es La Reserva del Saja cabe destacar el Valle de Liébana que es una zona relativamente cálida.

Las diferencias de altitudes existentes en la Reserva determinan la presencia de diferentes extractos vegetales, sin embargo, dada la humedad del clima es el bosque caducifolio de haya y roble el que se reparte sus niveles.

El haya se encuentra localizado entre los 600 y 1000m. de altitud, aunque en algunos lugares  puede incluso llegar a alcanzar los 1500m.En el conjunto de la Reserva  existen muy  buenos hayedos , cabe destacar el del monte Saja con 6695Ha de extensión,es el mas importante.

El roble se encuentra entre los 600 y 700m. de altitud, aunque en algunas ocasiones puede alcanzar los 1000m. constituyendo masas masas de cierta importancia dentro de la Reserva. Como famoso tenemos el roble del  cubilon en el valle  de Cabuerniga con mas de 3 metros  de diámetro y 27 m. de altura. Aunque también encontramos otras especies arbóreas como olmos,abedules,serbales, fresnos, mostajos y sauces.

La vegetación arbustiva esta representada principalmente por avellanos,endrinos,acebos zarzas y brezos.

Merecen una mención especial los pastizales que ocupan mas de 14.000 Ha. Son de una gran importancia no solo para el ganado domestico sino también para las especies cinegéticas